Os benefícios do Jenipapo são devido às suas vitaminas do complexo B e C, muito ferro, cálcio, hidratos de carbono, gorduras, água e contém aprox. 90 calorias em cada 100 gramas. 

Dentre os benefícios do Jenipapo temos: É estimulante do apetite e fortificante, colabora na digestão, elimina os males do fígado, baço e combate a asma. 

Sua raiz é utilizada como purgante. Um líquido branco que sai das cascas do tronco é utilizado para combater cataratas. 

Outros benefícios dessa fruta é o poder de curar amigdalite, anemia, diarréia, doenças venéreas, faringite, sífilis, úlcera e vomitos. 
Também é indicada para melhorar a circulação sanguínea, problemas dos rins e é afrodisíaca. 

Outro benefício do Jenipapo é que o suco dessa fruta controla as plaquetas do sangue em pessoas que fazem quimioterapia (e ou radioterapia) 
Indicado tomar dois copos de suco por dia (bater no liquidificador e coar), é inclusive, diurético e ótimo para males estomacais. 
O chá das raízes serve como purgativo. 

Sua casca, rica em tanino, é usada em curtumes para tratar couros, além de ser um excelente diurético contra úlceras, anemias e outras doenças. 

A polpa do Jenipapo tem cheiro forte, muito ácida, porém comestível, mais utilizada na forma de compotas, sucos, doces, xaropes, bebida refrigerante, e licor. 

Quando a fruta está verde é possível extrair um líquido (genipina), que é utilizado para pinturas em cerâmica, cestaria, tatuagens, pintura corporal e outros. 
Essa tinta é utilizada há milênios por indígenas.